أنشأ الصندوق القومي للإمدادات الطبية في العام 1935 كمخازن مركزية للأدوية تابعة لوزارة الصحة الاتحادية، وفي العام 1991 صارت هيئة تعمل تحت قانون الهيئات والشركات الحكومية وفي العام 2015م تم تحويلها للصندوق القومي للإمدادات الطبية بموجب القانون لإعطائه مزيداً من المرونة في العمليات التجارية في شراء وبيع الأدوية. وبذلك أصبحت المؤسسة الحكومية المسؤولة قانوناً عن توفير الأدوية والمستهلكات والمعدات الطبية للمؤسسات الحكومية. بدأ الصندوق العمل بنظام استرجاع التكلفة منذ بداية التسعينات من القرن الماضي، حين اعتمدت الدولة سياسة التحرير الاقتصادي بوجه عام، وسياسة استرداد التكلفة بحسبانه نظام لتمويل الخدمات الصحية في السودان، على وجه الخصوص. استطاع الصندوق في العشرين سنة الماضية تغطية حاجة المؤسسات الحكومية من الأدوية الأساسية والمستهلكات الطبية بنجاح، سيما إذا قسنا ذلك النجاح بتوفير الدواء على مستوى المخازن المركزية للهيئة، وبعد التقارير التي نشرت عن حصول المواطن السوداني على الأدوية الأساسية والتي لا تتعدى 50%، وإيماناً من الصندوق بأن الصحة للجميع سعى لزيادة التغطية للأدوية الأساسية والمنقذة للحياة وذلك عبر إنشاء مشاريع الدواء الدوار بالولايات في العام 2002, وفي العام 2012 تمكن الصندوق من زيادة نسبة الوفرة الدوائية حيث بلغت94%.كما قام الصندوق بتجديد الإتفاقيات وإعادة صياغتها من جديد بمسمى صندوق الإمداد الطبي الولائي والتي من أهم أهدافها ما يلي:
1. زيادة التغطية بالأدوية الأساسية المأمونة ذات الجودة والنجاعة والحصول عليها بالتكلفة المقدورة.
2. الأستمرار في التمويل الذاتي للأدوية.
3. ترشيد استخدام الأدوية.
4. منع تداول الأدوية من المصادر غير الموثوقة.
5. رفع مستوى الخدمات المقدمة في المرافق الصحية الحكومية.
6. توحيد أسعار الأدوية الأساسية في جميع المرافق الصحية بالبلاد